科研動(dòng)態(tài)

牛的瘟病毒包括A型瘟病毒（1型牛病毒性腹瀉病毒，BVDV-1）、B型瘟病毒（2型牛病毒性腹瀉病毒，BVDV-2）和H型瘟病毒（HoBi樣瘟病毒，HoBiPeV）等幾種。迄今為止，通過系統(tǒng)發(fā)育分析，BVDV-2的分離株已被分為三個(gè)亞型（a-c），并根據(jù)5’非翻譯區(qū)（UTR）二級(jí)結(jié)構(gòu)提出了一個(gè)額外的亞型（d）。在之前的一項(xiàng)研究中，我們?cè)贕enBank數(shù)據(jù)庫(kù)中發(fā)現(xiàn)了一些BVDV-2序列，通過對(duì)其基因組、UTR或單個(gè)基因的系統(tǒng)發(fā)育分析，認(rèn)為這些序列不能歸類為a-c亞型。我們又對(duì)這些序列進(jìn)行了詳細(xì)的研究，并評(píng)估它們是否可能代表不同的BVDV-2亞型。最初，我們從GenBank收集了85個(gè)BVDV-2完整/接近完整的基因組（CNCG），并進(jìn)行了基于CNCG和開放閱讀框（ORF）的系統(tǒng)發(fā)育分析“等效性證明”，這表明ORFs可以可靠地作為BVDV-2系統(tǒng)發(fā)育的參考目標(biāo)，使我們的數(shù)據(jù)集增加到139條序列。其中，我們發(fā)現(xiàn)了7個(gè)不能歸類為BVDV-2a-c的序列。在CNCG和病毒基因的系統(tǒng)發(fā)育分析中也觀察到了同樣的結(jié)果。此外，七個(gè)非BVDV-2a-c序列在所有系統(tǒng)發(fā)育樹中形成了一個(gè)獨(dú)特的簇，我們建議將其命名為BVDV-2e。與BVDV-2a-c相比，BVDV-2e還顯示了44個(gè)氨基酸的變化，其中20個(gè)位于明確的位置。重要的是，包括BVDV-2d在內(nèi)的額外系統(tǒng)發(fā)育分析以及BVDV-2e和BVDV-2d序列的成對(duì)比較也支持了這些亞型之間的差異。最后，我們建議將BVDV-2e識(shí)別為一種獨(dú)特的BVDV-2亞型，并鼓勵(lì)將其納入未來的系統(tǒng)發(fā)育分析中，以了解其分布和進(jìn)化。